集裝箱式一體化污水處理設備的工藝流程通常包括以下幾個步驟：

預處理：污水首先經過格柵去除較大的懸浮物、漂浮物和帶狀物，然后進入隔油裝置去除油分，再進入調節池調節水量和水質。

生化處理：調節池出水由提升泵進入一級生化池（缺氧池）和二級生化池（好氧池）進行生化處理。在一級池內，微生物將污水中的有機氮轉化為氨氮，并部分去除有機物；在二級池內，自養型細jun（硝化菌）將氨氮轉化為硝酸鹽氮，進一步去除有機物。

膜分離處理：經過生化處理后的污水進入膜分離系統，通過膜的截留作用去除水中的懸浮物、顆粒物、細jun等有害物質，確保出水水質。

污泥處理：沉淀池沉淀下來的污泥定期外運或填埋處理。